(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

25 March 2026 17:06

Поговорили - их гениальный план заключается в том, чтобы дождаться пока пара ключевых инженеров выйдет из отпуска через две недели и потом довыкладывать архивы с протеомами (димеры, сгруппированные по организму), и вроде россыпью отдельных файлов тоже выложат, если я правильно их понял. Ну то есть работа продолжается, на ФТП ещё выкладывать будут, но через несколько недель. Вот.

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

25 March 2026 14:27

всем привет!

мы тут в компании зарелизили очень быстрый open-source инструмент для antibody/TCR numbering: https://github.com/ENPICOM/immunum

Rust, в тысячу (не шучу) раз быстрее чем ANARCI, python bindings, polars module -- всё там. В планах duckdb extension и R bindings, если у вас есть опыт в этом -- мы рады обсудить как это добавить!

опенсорсная часть: MIT license, выделены внутренние ресурсы на maintenance (общение в issues, PR review, такие штуки.

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

25 March 2026 11:43

Добро пожаловать в (sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club, Сергей
Напиши пару слов о себе 👍

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

25 March 2026 09:34

Добро пожаловать в (sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club, Mark
Напиши пару слов о себе 👍

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

24 March 2026 19:48

Добро пожаловать в (sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club, Дима Солдат
Напиши пару слов о себе 👍

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

24 March 2026 15:06

Добро пожаловать в (sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club, Игорь Бердышев
Напиши пару слов о себе 👍

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

24 March 2026 04:50

Добро пожаловать в (sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club, Полина Лазарева
Напиши пару слов о себе 👍

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

23 March 2026 21:38

порезать батчи на организмы типа?

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

23 March 2026 19:46

положили. 30Tb разбитых на батчи по 7.6Gb однако. но это по всем организмам. дают tsv индекс где можно найти белок/организм и скачивать батчи только с ним. корреляций между батчем и организмом не заметил, кажется всё в кучу.

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

23 March 2026 09:33

Добро пожаловать в (sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club, Лилия
Напиши пару слов о себе 👍

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

22 March 2026 09:13

📆 Что обсуждалось вчера 21.03.2026

Дискуссия о претрениговке языковых моделей на ДНК (56 сообщений)
Различия в архитектурах моделей и их результатах (12 сообщений)
Проблемы с бенчмарками в модели ДНК (10 сообщений)

#dailysummary | ⭐️ поддержать команду

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

21 March 2026 22:42

Банальный пример для dnabert. Вроде его и в статье цитируют

https://academic.oup.com/bioinformatics/article/39/10/btad617/7303863

Т.е во время предоьучения модель просто научилась понимать близость кмеров. Не биологическую.

Отсюда и польза для рандома от смены токенизатора. Токенизатор непонуклеотидный требует от используемой модели выучить связь между кмерами. Абсолбтно никакой биологии, просто проблема токенищатора.

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

21 March 2026 19:06

ну из банального. За счет выучивания эволюции уметь давать априор, что мутация X не фатальна в данном контексте. А при дообучении на датасете соответствующим этот априор поправлять.

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

21 March 2026 19:04

там в соседнем посте pytorch-реализация. я не пробовал, но там среди авторов вроде тот, кто не косячит. Код их на jax очень странный. И местами видно что хоть и сказано что пакет, но в пакет не сделано (pip не ставит то что надо)

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

21 March 2026 19:02

О, вот это оч полезно, как раз нужно на CAGI сравнивать наши модели с aGenome. Спасибо!

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

25 March 2026 16:18

поддержите звёздами тогда 😑⭐️

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

25 March 2026 13:45

Добро пожаловать в (sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club, Никита Доброволец
Напиши пару слов о себе 👍

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

25 March 2026 11:14

Добро пожаловать в (sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club, Таня Чистякова
Напиши пару слов о себе 👍

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

25 March 2026 09:21

📆 Что обсуждалось вчера 24.03.2026

Обсуждение предложений по трудоустройству (1 сообщений)
Обсуждение научной статьи на arXiv (1 сообщений)
Запрос помощи или поддержки (1 сообщений)

#dailysummary | ⭐️ поддержать команду

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

24 March 2026 16:26

Добро пожаловать в (sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club, Carlo Ashley
Напиши пару слов о себе 👍

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

24 March 2026 09:20

📆 Что обсуждалось вчера 23.03.2026

Обсуждение обработки батчей генетических данных (4 сообщений)
Поиск людей для удаленной работы (2 сообщений)

#dailysummary | ⭐️ поддержать команду

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

23 March 2026 21:52

Спрошу, в чём их гениальный план заключается - может там система есть? :)) на самом деле не очень понятно, как лучше группировать - можно по семейству белков, по организму, по метрикам уверенности. Они над этим уже должны были подумать - поговорим :))

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

23 March 2026 20:29

Хммм, как-то не очень красиво, однако :(( поспрашиваю, как увижу, не собираются ли по-человечески перевыложить. Вот ведь народ, глаз да глаз нужен…

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

23 March 2026 09:54

Добро пожаловать в (sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club, Ольга
Напиши пару слов о себе 👍

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

22 March 2026 09:32

Добро пожаловать в (sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club, Валерия
Напиши пару слов о себе 👍

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

21 March 2026 23:39

Добро пожаловать в (sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club, Aleksandr
Напиши пару слов о себе 👍

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

21 March 2026 19:07

но даже с этим у этих поделий, мягко говоря, не все слава богу

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

21 March 2026 19:05

выбивать офигенные метрики конечно!

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

21 March 2026 19:03

Ага, но код пригодится

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

21 March 2026 18:57

пользе pretrain выглядит примерно так. Боюсь за ворохом днк-языковых моделей мы забыли.