2884
Описание отсутствует
Maturation and circuit integration of transplanted human cortical organoids (2022)
"A cross section through the brain of a laboratory rat reveals the extensive growth of a human brain organoid (bright area on left) transplanted into it. New work shows that the human tissue not only grows but forms working connections with neurons from the rat’s brain."
https://www.youtube.com/watch?v=bEXefdbQDjw (если вы всегда мечтали иметь домашнюю лабораторию, то можно смотреть и завидовать авторам канала)
в дополнение к:
In vitro neurons learn and exhibit sentience when embodied in a simulated game-world
Adaptive flight control with living neuronal networks on microelectrode arrays
Resting brain activity in early childhood predicts IQ at 18 years
Highlights
•Resting brain activity across early childhood predicted 18-year IQ.
•Resting theta power mediated the effects of experiential influences on 18-year IQ.
•Experiential influences on brain and cognitive development emerged early in life.
(хаха значимая нулевая корреляция)
A novel nematode species from the Siberian permafrost shares adaptive mechanisms for cryptobiotic survival with C. elegans dauer larva
в Сибири нашли и разморозили 46 000 летних червей: они живы и очень стары
Жаль вот не было такого инструмента в доступе на третьем курсе, когда я возненавидел УрЧПы - а вот теперь есть! Визуализация двумерных уравнений с частными производными:
https://visualpde.com/
Это reaction-diffusion, с начальным условием в виде портрета Ковалевской. А еще есть что-то более обычное типа волнового уравнения, куда можно потыкать мышкой (повозмущать), и увидеть, как волны таки распространяются. Красота, да и только!
ребята из политеха смотрят на шипики
SpineTool is an open-source software for analysis of morphology of dendritic spines 2023
https://www.augmental.tech/
The MouthPad^ is a tongue-driven interface that controls your computer, smartphone, or tablet via Bluetooth.
тачпад за щекой
Продолжение скандала вокруг подделки данных в исследованиях болезни Альцгеймера: в отставку уходит президент Стэнфордского университета
Американская пресса сообщает об уходе в отставку президента Стэнфордского университета Марка Тессье-Лавиня (Marc Tessier-Lavigne), который руководил рядом исследований механизмов болезни Альцгеймера, оказавшихся сфальсифицированными.
Первые обвинения, касающиеся этих исследований, появились на форуме PubPeer, предназначенным для публичного обсуждения научных публикаций, однако серьезное внимание к ним было привлечено только после серии статей в студенческой газете The Stanford Daily в ноябре прошлого года. В результате попечительскому совету Стэнфорда пришлось объявить о создании специальной комиссии по расследованию.
Комиссия установила, что в семи сомнительных публикациях, где Тессье-Лавинь не был одним из основных авторов, он не нес ответственности за манипуляции с данными. Однако явные признаки манипуляций с данными, произведенных другими исследователями, были найдены и во всех пяти из изученных комиссией статей, где он был corresponding or senior author (the 1999 Cell paper, the two 2001 Science papers, a 2004 Nature paper, and the 2009 Nature paper). В отчете комиссии утверждается, что Тессье-Лавинь ничего не знал о фальсификациях, однако неадекватно реагировал на четырежды выдвигавшиеся обвинения.
The report also faults Tessier-Lavigne for his “suboptimal” decision not to correct or retract the 2009 Nature paper, despite “vigorous discussions” about what to do; instead, he and colleagues published follow-up papers revising the findings. Without “an appropriate appetite” for corrections, “the often-claimed self-correcting nature of the scientific process will not occur,” the report says.
Интересно, что ряд опрошенных исследователей из лабораторий, которыми руководил Тессье-Лавинь, отметили особенности их атмосферы, которая могла способствовать "необычно высокой частоте манипуляций данными":
Although several former postdocs spoke positively of Tessier-Lavigne’s mentoring, some interviewees described a culture that rewarded “winners,” postdocs who produced favorable results, and marginalized “losers.” The report found no evidence that Tessier-Lavigne had been in favor of this dynamic, but suggested there were missed opportunities to “improve laboratory oversight and management.”
Несмотря на отставку с поста президента, Тессье-Лавинь остается в Стэнфорде, пообещав усилить контроль за работой с данными и тщательно следовать best practices. Ожидается, что он ретрагирует две статьи, опубликованные в Science, и одну статью в Cell, а также опубликует поправки к двум статьям в Nature.
https://www.science.org/content/article/stanford-president-to-step-down-despite-probe-exonerating-him-of-research-misconduct
Stanford president to step down despite probe exonerating him of research misconduct
University investigation finds data manipulation by others in Marc Tessier-Lavigne’s lab and says he should have corrected work more “decisively”
19 Jul 2023
Jocelyn Kaiser
https://www.nytimes.com/2023/07/19/us/stanford-president-resigns-tessier-lavigne.html
Stanford President Will Resign After Report Found Flaws in His Research
Marc Tessier-Lavigne was cleared of accusations of scientific fraud and misconduct. But the review said his work had “multiple problems” and “fell below customary standards of scientific rigor.”
July 19, 2023
Stephanie Saul
Раз уж затронули генитальную тему - рандомный факт из мира животных.
У самок змей тоже есть клиторы*! И это обнаружили только недавно (статья декабря прошлого года).
Коллектив авторов исключительно женский, что примечательно; girls power и шутка про затруднения с поиском клитора, возникающие вне зависимости от видовой принадлежности осматриваемой (и ощупываемой) самки.
*Гемиклитор, если точнее (не потому, что он как-то там полу-, а потому что из двух половинок; лучше гемиклитор и полноценные оргазмы, чем наоборот, - прим. ав.)
Нужен он им всё для того же:
> hemiclitores transduce sensation to the female snake during courtship and copulation, which might promote longer and more frequent mating leading to increased fertilization success
Такиедела🙃
https://habr.com/ru/articles/746762/
Хороший гайд
Nonlinear change processes and the emergence of suicidal behavior: A conceptual model based on the fluid vulnerability theory of suicide
"... Newer research implicates the existence of multiple nonlinear change processes among suicidal individuals, some of which appear to be associated with the emergence of suicidal behavior. The cusp catastrophe model provides a useful model for conceptualizing these change processes and provides a foundation for explaining a number of poorly understood phenomena including sudden emergence of suicidal behavior without prior suicidal planning. The implications of temporal dynamics for suicide-focused theory, practice, and research are discussed."
Выложен препринт с описанием результатов экспериментальной проверки нейротеорий сознания
Среди авторов Кристоф Кох, Станислав Деан, Дэвид Чалмерс.
256 human subjects viewed suprathreshold stimuli for variable durations while neural activity was measured with functional magnetic resonance imaging, magnetoencephalography, and electrocorticography. We find information about conscious content in visual, ventro-temporal and inferior frontal cortex, with sustained responses in occipital and lateral temporal cortex reflecting stimulus duration, and content-specific synchronization between frontal and early visual areas. These results confirm some predictions of IIT and GNWT, while substantially challenging both theories <...> Beyond challenging the theories themselves, we present an alternative approach to advance cognitive neuroscience through a principled, theory-driven, collaborative effort. We highlight the challenges to change people's mind and the need for a quantitative framework integrating evidence for systematic theory testing and building.
Cogitate Consortium, Oscar Ferrante et al. An adversarial collaboration to critically evaluate theories of consciousness. bioRxiv June 26, 2023 https://doi.org/10.1101/2023.06.23.546249
Я тут с двумя китайскими и одним российским студентами теорию накрытий ориентированных графов построил, связал её с путевыми гомологиями, построив спектральную последовательность, и применил для вычисления путевых гомологий некоторых графов Кэли.
Препринт:
https://arxiv.org/abs/2305.15683
Слайды:
https://mathenchant.wordpress.com/2020/02/17/chess-with-the-devil/
«…Mathematician Charles Fefferman (…) says that doing math research is like playing chess with the Devil. Or rather, chess with a devil who, although much smarter than you, is bound by an ironclad rule: although you are allowed at any stage to take back as many moves as you like and rewind the game to an earlier stage, the devil cannot. In game after game, the devil trounces you, but if you learn from your mistakes, you can turn his intelligence against him, forcing him to become your chess tutor. (…) Someone who reads a record of the final version of the game (…) may marvel at some cunning trap you set and ask “How on earth did you know that this would lead to checkmate ten moves in the future?” The answer is, you already had a chance to explore that future…»
первый из мейджоров пошел) https://www.dimensions.ai/blog/powering-research-with-dimensions-ai-assistant/ у скопуса пилотный доступ тоже готовится https://www.nature.com/articles/d41586-023-02470-3 кто дальше продвинулся, непонятно, но функционал remarkably similar
Читать полностью…
Копия поста Николая Решетихина из фэйсбука
------
Dear Friends,
For a long time, I did not write anything on Facebook. It is time now.
In 2019 a group of enthusiasts of history of mathematics Nikita Kalinin, Galina Sinkevich, Dmitriy Stolyarov and I started to work on a project on history of mathematics related to St. Petersburg. The
project was intended to be completed for the ICM-2022. Because of the
well-known sad events, this project is still in progress. We are close to finishing it, but we are also running out of resources. You can find the first 150 pages of this book here:
https://drive.google.com/file/d/13oF2FIlYQy3wTkiPjXO23ZxpPcSEc6sx/view?fbclid=IwAR11w12_auq8EfgyjTUakbsb1n9GXEekBKRm6Vfmj_P1pixmpEt-92fdAH8
As of now the book has nearly 500 pages. We need volunteers who can do proofreading. We understand that to do it for the whole text is a gigantic task.
But if you can proofread one or two articles, that would be of a huge help.
If you are willing to do this, please send an email to ( mathspbthm at gmail.com ). We will send you the source file.
Please feel free to repost this message.
Nicolai Reshetikhin.
———
Ссылка на пост:
https://www.facebook.com/permalink.php?story_fbid=pfbid0uWC2T4oNB3bCNFxdHfk3p5KaVoMVwfAVMpDrEpNDzfwEmKds385Uc2LX7ymsdGvdl&id=1236904
Презабавнейшая статья про иррациональность корня из 2.
https://arxiv.org/pdf/2005.03878.pdf
В отличие от традиционного подхода (с доказательством от противного) автор действует чисто конструктивно - по произвольному рациональному приближению a/b > √2 строит новое приближение a/b > a'/b' > √2.
"So we have an algorithm (a variation of a possible Babylonian algorithm [10]) for producing better and better approximations to √2 given any rational number a/b with a/b ≥ √2. And it can’t then be the case that √2 is a rational number" - пишет нам автор и заканчивает на этом статью.
Простая мысль, что между любыми двумя рациональными a/b и c/d тоже можно всегда вставить медианту (a+c)/(b+d), и что это полностью обнуляет его "доказательство", автора почему-то не посетила. Но статья все равно интересна - например, тем, что ее можно показать детям как задачу "найдите ошибку". Мало кто поверит, что ошибка в статье будет в самой последней строчке, уже после всех зубодробительных выкладок.
The paradox of the efficient code and the neural Tower of Babel
«A pervasive metaphor in neuroscience is the idea that neurons “encode” stuff: some neurons encode pain; others encode the location of a sound; maybe a population of neurons encode some other property of objects. What does this mean? In essence, that there is a correspondence between some objective property and neural activity: when I feel pain, this neuron spikes; or, the image I see is “represented” in the firing of visual cortical neurons. The mapping between the objective properties and neural activity is the “code”. How insightful is this metaphor?
An encoded message is understandable to the extent that the reader knows the code. But the problem with applying this metaphor to the brain is only the encoded message is communicated, not the code, and not the original message. Mathematically, original message = encoded message + code, but only one term is communicated. This could still work if there were a universal code that we could assume all neurons can read, the “language of neurons”, or if somehow some information about the code could be gathered from the encoded messages themselves.
Unfortunately, this is in contradiction with the main paradigm in neural coding theory, “efficient coding”.
The efficient coding hypothesis stipulates that neurons encode signals into spike trains in an efficient way, that is, it uses a code such that all redundancy is removed from the original message while preserving information, in the sense that the encoded message can be mapped back to the original message (Barlow, 1961; Simoncelli, 2003). This implies that with a perfectly efficient code, encoded messages are undistinguishable from random. Since the code is determined on the statistics of the inputs and only the encoded messages are communicated, a code is efficient to the extent that it is not understandable by the receiver. This is the paradox of the efficient code.
In the neural coding metaphor, the code is private and specific to each neuron. If we follow this metaphor, this means that all neurons speak a different language, a language that allows expressing concepts very concisely but that no one else can understand. Thus, according to the coding metaphor, the brain is a Tower of Babel.»
Interpreting the retinal neural code for natural scenes: From computations to neurons 2023
• A three-layer model captures retinal natural scene responses and phenomena
• Models have internal units highly correlated with interneuron recordings
• A general approach reveals how model interneuron pathways encode any stimulus
• Model analysis yields new automatic circuit hypotheses for neural computations
(если честно не очень понятно, что в этом нового, таких моделей много и с более реалистичной архитектурой, например Realistic retinal modeling unravels the differential role of excitation and inhibition to starburst amacrine cells in direction selectivity 2021 или A Neuronal Network Model of the Primate Visual System: Color Mechanisms in the Retina, LGN and V1 2018)
Президент Стэнфордского университета Марка Тессье-Лавиня (Marc Tessier-Lavigne) фактически оказался замешанным в подделке данных о болезни Альцгеймера, приведенных в статьях в Cell, Science и Nature
Подробнее см. следующие посты на каналах:
/channel/bci_ru/1975
/channel/kedr2earth/9220 -- не "попадаться нельзя", а мухлевать с данными нельзя, тогда и попасться будет принципиально невозможно!
Совершенно невозможно поверить в то, что этот гаврик не знал о фальсификациях с данными в как минимум четырех статьях. По-видимому, прошло слишком много времени (первая статья опубликована в 1999), чтобы предоставить неопровержимые доказательства персональной виновности. Ему очень повезло... жаль, что не был лишен всех постов, степеней и званий, пенсий, накоплений и имущества.
В связи с этим случаем, уместно напомнить историю про немецкого физика-очковтирателя Яна Хендрика Шёна (Jan Hendrik Schön), которая произошла вскоре после того, как были опубликованы несколько первых работ стенфордского гаврика. Возможно, что именно после неё последний по максимуму зачистил следы фальсификации, чтобы не отгрести люлей.
Кратко: Шён устроился в Bell Labs на постдок и за 4 года стал кандидатом на Нобелевскую премию по физике (в 2001 году), опубликовав как минимум десяток ошеломляющих статей в Nature и Science по органической электронике и сверхпроводимости. Помню фурор от его статей в 2001 году в научном сообществе по физике конденсированного состояния - один академик, который должен был читать нам лекцию, буквально бегал по своему кабинету с большими глазами, размахивал руками и восклицал "Вы понимаете? Это же революция!!!"... Это действительно была революция, только очковтирательства. Большинство из работ Шёна - это ПРИДУМАННЫЕ данные о несуществующих "новых" физических эффектах. Он настолько заврался и потерял осторожность, что стал публиковать новые работы со старыми графиками (наверное уже лень было выдумывать) - кое-кто заметил абсолютно идентичные графики, относящиеся к разным физическим эффектам. В 2002 провели расследование и "выпали в осадок" от масштаба вранья. Кроме того, репутация журналов Nature и Science была подорвана (эти журналы позже буквально уничтожили у себя все сколь-нибудь подозрительные публикации Шёна, хотя после присвоения DOI статью якобы нельзя удалить полностью - удалили, несмотря на то, что эти статьи массово цитировались). Соавторы Шёна (в основном - американцы) жалобно блеяли, что они якобы не в курсе фальсификации, и им поверили. Самого Шёна вышибли отовсюду и лишили звания PhD даже в родной Германии (в 2012 году суд подтвердил законность лишения ученой степени). См. также прикрепленную книгу "Plastic Fantastic" (2009), написанную на основе журналистского расследования о "скандале Шёна" [1], и приведенные ниже ссылки (в видео [10, 11] авторы пытаются как-то обосновать причины, подтолкнувшие Шёна к такому феерическому вранью).
Полезные ссылки:
[1]: https://en.wikipedia.org/wiki/Schön_scandal
[2]: https://pubs.aip.org/physicstoday/article/55/11/15/443380/Investigation-Finds-that-One-Lucent-Physicist
[3]: https://www.aps.org/publications/apsnews/202209/history.cfm
[4]: https://www.theguardian.com/education/2002/sep/18/science.highereducation
[5]: https://www.science.org/doi/10.1126/science.298.5602.2303
[6]: https://www.nytimes.com/2002/09/26/us/panel-says-bell-labs-scientist-faked-discoveries-in-physics.html
[7]: https://www.science20.com/science_20/jan_hendrik_schön_world_class_physics_fraud_gets_last_laugh_whole_book_about_himself
[8]: https://www.delta.tudelft.nl/article/finally-weve-caught-hendrik
[9]: https://physicsworld.com/a/bell-labs-physicist-fired-for-misconduct/
[10]: https://www.youtube.com/watch?v=nfDoml-Db64
[11]: https://www.youtube.com/watch?v=Riio1eKOSKg
[12]: https://dzen.ru/a/XHT7ujof2QCzvQvq -- краткое русскоязычное описание.
Я не смотрел все доклады нашумевшего конгресса, но из тех записей, которые я пролистал, эти 4 доклада показались мне самыми интересными. Доклад Николая Макаренко "Topology and graphodynamics of the Magnetic Fields of the Sun's magnetic fields" рекомендую (45-я минута), хоть тема заявлена достаточно узкой, там много интересных фактов по TDA и ссылок
https://youtu.be/pl03aKXff-o?list=PLC_biefhJpp44XD0LaxScXWJHNif_XUfl
Если устали от хитрых аргументов, призванных разгадать загадку сознания, можно почитать вот это
https://bjui-journals.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/bju.15926
A Brain-Wide Map of Neural Activity during Complex Behaviour
Here, we report a comprehensive set of recordings from 115 mice in 11 labs performing a decision-making task with sensory, motor, and cognitive components, obtained with 547 Neuropixels probe insertions covering 267 brain areas in the left forebrain and midbrain and the right hindbrain and cerebellum. We provide an initial appraisal of this brain-wide map, assessing how neural activity encodes key task variables.
The Xenopus Pregnancy Test
В 40х-60х годах прошлого века в качестве теста на беременность использовали южноафриканских шпорцевых лягушек X. laevis (после всех этих лет работы с ооцитами, у меня особые чувства к ксенопусам)
Мочу предположительно беременных женщин вкалывали в лапку лягушки и оставляли на ночь (5-12 часов). Если на утро произошла овуляция и лягушка отложила икру - тест положительный.
К тому же, судя по отзывам (аж 1938 года), очень точный
>Among the 295 tests which I have done so far and in which 2,112 frogs were used I have not seen one clear positive that did not indicate a pregnancy. There were a few negative results which when repeated after a fortnight became positive, but I do not think that these can be regarded as failures
Understanding the retinal basis of vision across species
Редкая статья, в которой просто интересно разглядывать картинки
Рене Том "Структурная устойчивость и морфогенез"
Читать полностью…
У любого пространства есть код днк – бесконечная цепочка знаков, похожих на числа. Понять эту цепочку получается мало у каких пространств, нет ни одного конечного пространства с понятной нетривиальной цепочкой. То есть, либо цепочка пустая, либо она непонятна. Тут возникает обычный вопрос: что такое «понятно»? Ну, например, есть норм формула, по которой можно выписывать эту цепочку, не особо влезая в сложность. Тут возникает следующий вопрос: что такое «не особо влезая»? Что такое «сложность»? И так далее. В общем, нет никакого разумного метода бежать по цепочке достаточно далеко. Есть дикие методы продвижения, но чем дальше, тем там все мутнее. С каждым шагом все тяжелее, требуются новые трюки, следующий шаг не диктуется предыдущими и так далее. У всяких нейросеток шансов никаких нет и не будет – потому что все это не пародируется, не гуглится и не копируется. Распознавания паттернов возможны, но этого оказывается мало. Паттерны там рождаются и исчезают. В общем, я много лет исписывал тетрадки этими значками, пытаясь распознать хоть что-то, рисовал огромные разноцветные таблицы, пытался все это выстроить как лингвистическую игру, как разговор на языке с фиксированной грамматикой. Вот, сотни исписанных страниц с какими-то безумными схемами. У меня там был свой сленг – «острова», «море», «суша», «планктон», «сэндвичи», «болото», «коротыши». И прикол – там в основании дичайшей комбинаторики лежат карточные перемешивания – они там повсюду. Всякие элементы, кодируемые перетасовками множества колод с множествами карт. Мне рассказывали о людях, которые сходили с ума на этой теме. Дико интересно было бы с ними поболтать, спросить, что именно они хотели получить. Возможно, некую «формулу», алхимическую сыворотку, философский камень в виде цепочек знаков. Прикол в том, что есть таки методы сказать что-то серьезное об этих цепочках. Но это не «формулы», а качественные описания. Например, ограничения по знакам. Знаки иерархиезированы, как числа. И для многих пространств удается показать, что в цепочках днк есть некое ограничение, что там не беспредел – знаки не выходят за определенную границу. Вот это круто. У тебя есть некий хаос. А ты берешь и замечаешь, что этот хаос ютится внутри неких областей, диапазонов, у него есть границы. Эти цепочки склеиваются из элементарных форм, этих форм много, они разные, но их мы более-менее можем осознать. Может, и не можем, но возможны хоть гипотезы. Вот, собственно здесь и начинается теория склеек. Как эти формы склеиваются друг с другом, какие склейки возможны вообще, можно ли проконтролировать все склейки и сказать что-то качественное о цепочках – да, скорее всего можно, это и есть подход функториальных склеек. Ты не можешь «вычислить» ничего, но можешь качественно оценить склейки. То есть, там может быть миллиард маленьких форм, но все склейки между ними примитивны, они задают цепочки понятного типа. Это монтаж, в общем-то. Из мелких понятных кадров склеивается нечто сложное, мы пытаемся оценить возможность склеек, исходя из природы кадров. И да, это перспективно, это возможность разглядывания чего-то концептуального внутри хаоса, минуя всю жуть карточных перетасовок, всех этих комбинаторных кошмаров.
Читать полностью…