Telegram-канал geneticsas - 🏅 Genetics A.S 🏅: Unsorted

🏅 Genetics A.S 🏅

13 Apr 2025 16:35

💻 دوستان توی مقاله بیوانفورماتیکی یا ریویوتون می‌تونید با استفاده از پکیج circlize تو R، موقعیت کروموزومی ژن‌هاتون رو به‌صورت یک circle plot ساده و زیبا نمایش بدید؛ با این پکیج circle plotهای فوق‌العاده زیبا و پیچیده می‌تونید رسم کنید که کدهای زیر، برای ساخت یک پلات ساده ولی در عین حال کاربردی، برای نمایش موقعیت کروموزومی ژن موردنظرتون کاربرد داره:

## Install and Import the Packages
install.packages("circlize")
install.packages("biocManager")
BiocManager::install("biomaRt")
library(biomaRt)
library(circlize)


## Chromosome Location 
ensembl <- useEnsembl(biomart = "genes",
                      dataset = "hsapiens_gene_ensembl")

lnc_info <- getBM(attributes = c("hgnc_symbol", "chromosome_name", "start_position", "end_position", "strand"),
                  filters = "hgnc_symbol",
                  values = "TP53", 
                  mart = ensembl)

lnc_df <- data.frame(chr = paste0("chr", lnc_info$chromosome_name),
                     start = lnc_info$start_position,
                     end = lnc_info$end_position,
                     name = lnc_info$hgnc_symbol)


## Initialize the Plot
circos.initializeWithIdeogram()


## Highlight the Gene
circos.genomicLabels(bed = lnc_df,
                     labels.column = 4,
                     side = "inside",
                     cex = 0.9,
                     col = "red",
                     facing = "clockwise",
                     line_col = "red",
                     line_lwd = 2,
                     line_lty = "dotted")

💻 تو کد بالا، فقط کافیه به‌جای ژن TP53 در آرگومان values فانکشن getBM، اسم ژن یا ژن‌های خودتون رو قرار بدید.

✨ جهت ثبت‌نام دوره جمع‌بندی ژنتیک پزشکی، مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع ژنتیک پزشکی امری، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : مصاحبه‌ها

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.

#بیوانفورماتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
💗💗💗💗💗💗©️💗 ⭐ 🤍🤍