3821
Нестрашный канал об онкологии По вопросам сотрудничества - @paskomd Связаться с Софией Меньшиковой - @sophie_menshikova
14 июня — Всемирный день донора.
В онкогематологии крайне важны два направления донорства: и донорство крови, и донорство костного мозга. Если о донорстве крови обывателю известно практически все, то вокруг донорства костного мозга существует огромное количество мифов.
Как трансплантация костного мозга может помочь онкобольному? Пациент может выздороветь после пересадки? Процедура донации костного мозга — это опасно? Специально ко дню донора Фонд борьбы с лейкемией совместно с видеоволонтерами агентства “Брусника” выпустил видеоролик о самых распространенных стереотипах про донорство костного мозга.
Фонд борьбы с лейкемией с 2014 года регулярно помогает взрослым с онкологическими заболеваниями крови по всей России. За 8 лет работы фонд помог более 1200 пациентам и их родственникам. Вы тоже можете помочь: вступайте в регистр доноров, делайте пожертвования и делитесь роликом с друзьями.
Чем опасны лекарственные взаимодействия?
Юрий Киселев на ПостНауке
Спрашивают “на что заменить лекарство, если моего в аптеках нет”. Много об этом писал, напомню вкратце и нечеловечески упрощая. Берем таблетку. В ней есть действующее вещество, которое собственно и оказывает фармакологический эффект, и вспомогательные вещества (условно, пресловутый мел). Действующее вещество, например метформин, изначально разрабатывается некоей фирмой и выводится ею на рынок под неким торговым названием, например “Глюкофаж” (оригинальный препарат или бренд), после чего лет 10 фирма стоит одна в белом пальто красивая и собирает деньги. Тем временем временем вокруг, в отдалении, стоят фирмы в пальто попроще и ждут окончания патентной защиты, чтобы запустить копии этого препарата (дженерики). Чтобы это сделать, нужно сначала доказать регулятору, что в новой таблетке находится столько же такого же действующего вещества, сколько и в оригинальной. При этом вспомогательные вещества могут быть другими, так же как и физические особенности прессования таблетки и т.д.
Дальше нужно доказать, что после приема таблетки дженерика, назовем его “Глюкоформин”, концентрация и длительность пребывания действующего вещества (метформин) в крови будет такой же, как и у бренда (“Глюкофаж”) - биоэквивалентность. Дальше мы исходим из того, что если эти условия соблюдены, то от дженерика можно ожидать той же эффективности и безопасности, что и от бренда, для которого перед первоначальной регистрацией 10 лет назад проводились дорогостоящие масштабные клинические испытания. Таким образом, производитель дженерика въезжает “на чужом горбу в рай”, экономя огромные деньги, а отсюда и более низкая цена, что хорошо для потребителя.
Но! Дьявол кроется известно где. Чтобы реально ставить знак равенства между дженериком и брендом, надо доверять и регулятору (что он за взятки или по политическим мотивам не пропустил паршивый препарат), и компании, выполнявшей исследования по биоэквивалентности дженерика и бренда (что она не подтасовала цифры в угоду заказчику). В мировой практике встречаются оба варианта, но в развитых странах крайне редко, поскольку есть понятные и рабочие механизмы контроля. Если мы исходим из презумпции доверия, то остаются еще вопросы. Например, при оценке биоэквивалентности фирмы часто стараются сэкономить, и могут включить слишком мало пациентов или они будут слишком здоровыми, и в итоге картинка не будет отражать клиническую реальность. Условно, если лекарство принимается в основном пожилыми, а оттестируют его на более молодых, то всасывание на бумаге может оказаться завышенным. Опять важен контроль, не зря инспекционные визиты западных регуляторов часто проходят в обстановке глубокой секретности и внезапности.
Кроме того, в силу слишком сложных для объяснения здесь физико-химических причин, для некоторых действующих веществ дженерики даже при соблюдении требований биоэквивалентности могут значимо отличаться от брендов по эффективности и/или безопасности. Именно поэтому, например, в Норвегии при общем правиле заменять дорогие бренды дешевыми дженериками для экономии, противоэпилептические препараты заменять нельзя: какое торговое название выписано, такое в аптеке и выдать. Причем в обратном направлении тоже нельзя: если так случилось, что пациент изначально пошел на дженерике, не рекомендуется заменять даже на бренд.
Что же делать в нынешней ситуации в России? Я бы не стал автоматически во всех случаях бояться дженериков, всё же лучше хоть какое-то лечение, чем никакого. Если у вас хроническое заболевание и вы знаете и врача, и лекарство, и особенности своей болезни, то нужно обязательно заранее посоветоваться с врачом о возможных заменах: грамотные врачи обычно замечают, если какой-то дженерик сразу у нескольких пациентов “работает” хуже бренда или других дженериков.
Закончу ссылкой на опубликованное вчера Постнаукой видео, записанное еще летом прошлого года, мы старались.
Подборка полезных ресурсов некоммерческих проектов и общественных движений с информацией о диагностике и лечении рака на русском языке
👉 https://te-st.ru/2022/02/03/all-about-cancer/
НЕСТАНДАРТНЫЙ ДЕНЬ - СРЕДА !
🚀 @SBERLOGA online seminar on bioinformatics:
👨🔬 Кондратова Мария (Lille University) "Иммунный ответ в раке. Как это работает и не работает. Обзорная лекция.”
⌚️ Среда 8 декабря, 18.00 по Москве
Абстракт будет позднее.
О докладчике: Мария Кондратова - PhD - молекулярный биолог, автор многочисленных статей (в том числе, в Nature Communications), а также популярной книги - "Рак - кривое зеркало жизни" - первой научно-популярной книги о молекулярных механизмах рака на русском языке.
Подписывайтесь на каналы тг: @sberloga, Ютуб: SBERLOGA - топовые онлайн доклады каждую неделю! @sberlogajobs - вакансии.
Ссылка на зум будет доступна в чате: /channel/sberlogabio ближе к началу доклада.
🚀 @SBERLOGA online seminar on bioinformatics:
👨🔬 Котлов Никита (BostonGene) “Подтипы микроокружения DLBCL”
⌚️ Пятница 3 декабря, 18.00 по Москве
Мы обсудим происхождение и развитие Б-клеток и лимфомы, которые из них происходят. Затронем строение нормального лимфоузла и функции разных видов нормальных клеток в нем. Научимся оценивать количество этих клеток и выраженность тех или иных функций на основе данных экспрессии генов. И в итоге углубимся в подтипы Диффузной Крупноклеточной Лимфомы (DLBCL), обсудим их клиническую значимость.
Разбор статьи https://cancerdiscovery.aacrjournals.org/content/11/6/1468
Вакансии в BostonGene: /channel/sberlogajobs/158
Ссылка на зум будет доступна в чате: /channel/sberlogabio ближе к началу доклада.
#hsot_видео
Сегодня мы будем, как в меме с Человеком-пауком, показывать пальцем на самих себя и рекламировать свое же кино в рубрике #hsot_видео.
Почему нет - ведь это кино того стоит: чуть больше недели назад к нам в гости пришла София Меньшикова (врач-онколог, эксперт BostonGene и мать Oncology Fellow) и рассказала о тройном негативном раке молочной железы все, что мы хотели знать, но боялись спросить.
Какой рак надо называть тройным негативным? Всегда ли тройной негативный рак - это то, чем он кажется на первый взгляд? Зачем все вокруг говорят про иммунотерапию? И почему при разговоре о ТНРМЖ так уместны отсылки к "Твин Пиксу"?
Все это - в нашем новом видео: https://youtu.be/IW_Pf1qisRA
А еще у нас есть YouTube-канал, все очень серьезно. Приходите - там много всего классного.
Ищу себе в команду человека. Вижу так: врач (в идеале онколог), который обожает рак молочной железы и шарит в лекарственном лечении. Будем заниматься высокой наукой и говорить по-английски.
Резюме сразу кидайте на почту рекрутера или в личку @BostonGeneHR , репост приветствуется :)
https://hh.ru/vacancy/48746592
По всему миру шагает Розовый октябрь - месяц информированности о раке молочной железы. В этот период во многих странах проводят кампании и акции, привлекающие общественное внимание к важности скрининга, диагностики и лечения этого заболевания.
HSO talks совместно с врачом-онкологом Софией Меньшиковой подготовили лекцию об одном из подтипов этого злокачественного образования. Что может быть лучше интересной, информативной и актуальной беседы, где вы сможете задать вопросы лектору?🤓
Не пропустите: в воскресенье, 10 октября в 19:00 на платформе ZOOM ✊🏻
Что нужно, чтобы попасть в лекторий?
Написать в сообщения HSO talks о своем желании и получить ссылку 📩
Замучили приливы на тамоксифене
- считайте, что это каждый второй запрос в директе в Инстаграме.
Что обычно получают женщины, которые проходят активное лечение по поводу гормонозависимого рака молочной железы? Правильно, побочки!
🌞 Приливы
На снижение количества эстрогенов наш организм отвечает нарушениями терморегуляции. Оказывается, здесь могут помочь препараты, которые являются селективными ингибиторами захвата серотонина (+/- эпинефрина). Их действие изучали у женщин с раком молочной железы и это оказалось безопасно.
Самый изученный препарат – венлафаксин (PMID: 26067931). Важно - это антидепрессант, а потому отпускается только по рецепту.
Другие препараты этой группы – пароксетин, флюоксетин, дуолоксетин и серталин подходят меньше, потому что влияют на метаболизм тамоксифена (ингибируют CYP2D6).
🙅♀️ Ceксyaльная дисфункция
Сухость во влaгалищe – тоже частая проблема. Здесь, к сожалению, ничего, кроме лубрикантов придумано не было – и они безопасны (PMID: 32358778).
В отдельных случаях, когда пациентки уже закончили принимать гормональную терапию, а лубриканты не помогают, можно попробовать локальное нанесение эстрогена, это тоже не опасно (PMID: 12725664, 22903687).
🎈 Маточное кровотечение
Пациентки на тамоксифене чаще сталкиваются с кровотечениями и патологиями эндометрия. Оказывается, внутриматочные спирали с левоноргестрелом так же могут с этим бороться: снижают частоту развития полипов, гиперплазии эндометрия и фиброаденом (PMID: 19821400).
Правда, до сих пор нет данных, что спираль точно НЕ увеличивает риск рецидива, а потому метод остается нестандартным.
👵🏻 Остеопороз
Обычно эта проблема касается в основном тех, кто принимает ингибиторы ароматазы. Кстати, тамоксифен, наоборот, повышает плотность костей.
Пациенткам на ингибиторах ароматазы нужно всегда принимать препараты кальция и витамина Д в профилактических дозах + бисфосфонаты или деносумаб раз в полгода.
Важно, что по современным рекомендациям бисфосфонаты нужны вообще всем пациенткам в менопаузе (в том числе искусственной) независимо от фенотипа в первые 3 года после (т.е, тройной негативный и HER2-положительный – тоже). Важно – до начала терапии нужно проверить уровень витамина Д! Они работают и как профилактика рецидивов в том числе.
Про динозавров с метастатическим раком, про дьяволов, про голых земплекопов и, конечно, котиков
https://cuprum.media/columns/animal-cancer
ЭНДОНОВОСТИ В Т-ДЕЙСТВИИ
Выпуск 1. Гормоны и рак груди
Гормоны и онкология — два слова, которые нередко звучат в одном предложении. СМИ и околомедицинские разговоры часто подстёгивают канцерофобию у людей, которые получают гормональную терапию. Оправданно ли это?
В 2019 году были опубликованы результаты когортного масштабного исследования в Нидерландах, включившего 2260 трансфеминных и 1229 трансмаскулинных людей, получавших гормональную терапию. Суммарно на счету участни_ц было 33 991 лет феминизирующей ГТ и 14 883 лет маскулинизирующей ГТ.
В итоге из 2260 трансфеминных персон у восемнадцати был диагностирован рак молочных желёз. Из них у семнадцати стаж гормональной терапии на момент выявления был более 18 лет, возраст у всех — старше 50 лет. В большинстве случаев опухоли были гормоночувствительными (83% имели рецепторы к эстрогену и 67% — к прогестерону), в 8% случаев — HER2-позитивные. Уровни эстрадиола и тестостерона у заболевших значимо не отличались от средних в выборке. Таким образом, риски рака молочных желёз у трансженщин оказались выше, чем у цисгендерных мужчин, но ниже, чем у цисгендерных женщин.
Из 1229 трансмаскулинных людей с раком грудных желёз столкнулись четверо. У всех четверых стаж гормональной терапии был более 15 лет, в двух случаях клетки опухоли имели рецепторы к эстрогену и прогестерону, в одном — к андрогенам. В трёх случаях диагноз был установлен через несколько лет после мастэктомии, последний — во время мастэктомии. Уровни тестостерона у всех четверых были ближе к нижней границе целевого диапазона. При этом риски рака молочных желёз у трансмужчин ниже, чем у цисгендерных женщин.
Хотя данное исследование когортное, ретроспективное и неоднородное по своей выборке (включённые в него люди получали разные гормональные препараты), оно достаточно крупное и статистически значимое, чтобы сделать выводы, что в целом риски рака молочных и грудных желёз не повышаются существенно у людей, получающих гендерно-аффирмативную терапию. И если заболевание случится, то оно произойдёт не раньше, чем в среднем в популяции.
Соответственно, чтобы не пропустить заболевание, рекомендуется стандартный скрининг:
— ежемесячная самопальпация на предмет уплотнений в грудных/молочных железах (либо — в случае проведенной мастэктомии — в околососковой области). Что должно насторожить: наличие уплотнения, особенно, если оно сдвигается вместе с кожей, изменение кожи в области груди, отделяемое из сосков, особенно кровянистое. В этом случае необходимо обратиться ко врачу.
— для трансфеминных людей: маммография ежегодно начиная с возраста 40 лет.
---------
Текст подготовила Ева-Лилит Цветкова, врач-эндокринолог, специалистка по медицинской информации и научной коммуникации, ведущая канала Эндоновости.
#Эндоновостивтдействии_T_Action
Правда, что молоко вызывает рак груди?
Вот ведь есть целая научная статья про это!
Если кратко, в статье написано следующее. Авторы предполагают, что употребление сои и молочных продуктов повышает риск развития рака груди. Чтобы проверить свою гипотезу, они в течение 8 лет наблюдали почти 53 тысячи женщин, которые периодически заполняли опросники о своих пищевых привычках. У тысячи женщин из эксперимента за это время появился рак молочной железы. Авторы проанализировали опросники и сделали вывод, что употребление молока почти в полтора раза повышает риск развития рака молочной железы.
Ну и?
Ну, и такое исследование, когда в заранее отобранной группе людей пытаются проследить связи между следствием и предполагаемой причиной, называется обсервационным.
К сожалению, такие исследования часто грешат случайными находками, которые на самом деле не имеют отношения к причине — это особенность их дизайна. Так, например, можно проанализировать и статистически доказать, что женщины, которые заболели раком, ездили в основном на красных машинах. В этом случае понятно, что связь, скорее всего, случайная.
В исследовании с молоком и раком груди плохо и то, что авторы не учитывают другие факторы. Например, возраст, основной фактор риска развития рака. Из 1057 женщин, у которых развился рак молочной железы, около 900 были в постменопаузе, а значит, они были старше 50 лет как минимум. Не могло ли случайно получиться так, что женщины старшего возраста чаще употребляли молочные продукты? Или другой фактор — наследственность. Не вышло ли так, что среди тех, кто заболел, были люди с наследственным раком, а молоко приплели совершенно случайно? К сожалению, ответов на эти вопросы нет.
Это не значит, что работа была бесполезной и не внесла вклад в науку, просто найти закономерности между разными событиями, особенно когда речь идет о причинах развития неинфекционных болезней, сложно. Чтобы отвечать на такие вопросы, ученые проводят метаанализы — изучают результаты всех уже имеющихся исследований и приходят к однозначному, статистически рассчитанному выводу. Последний метаанализ 2018 года не выявил статистически значимой связи между употреблением молока и развитием рака молочной железы.
Так что молоко - пейте. А полный текст на сайте Cuprum Media
https://cuprum.media/columns/milk-and-breast-cancer
Реабилитация детей с опухолями мозга
Что это, как это и, главное, почему важно?
27 июля в 15:00 Фонд Хабенского проводит онлайн паблик-ток «Знать и не бояться: реабилитация детей с опухолями мозга». Во время прямого эфира эксперты из ведущих российских клиник обсудят:
- общие вопросы, связанные с системой реабилитации в стране, реабилитацию в частных клиниках, реабилитацию в регионах;
- новый порядок оказания реабилитационной помощи детям, введенный с 1 января 2021 года;
- сроки и продолжительность реабилитации;
- другие важные вопросы, связанные с реабилитацией детей с опухолями мозга.
Подробности можно узнать здесь.
Будем ждать вас в прямом эфире на Youtube-канале Фонда. Присоединяйтесь к дискуссии и задавайте свои вопросы экспертам. Для получения напоминания о прямом эфире за полчаса до его начала можно зарегистрироваться по ссылке.
Привет!
Вместе с редакцией Т-Ж составили ликбез по раку: что это, откуда берется, куда бежать, зачем так много.
И вот такое у нас вышло саммари:
1) Рак — общее название группы различных заболеваний, в основе которых лежит неконтролируемое деление клеток. То есть рак — не одна болезнь, а много разных, с разными особенностями, причинами и прогнозом для пациента.
2) Люди, которые стремятся к здоровому образу жизни, то есть правильно питаются, организуют себе умеренную физическую нагрузку, не пьют и не курят, менее подвержены развитию рака, как и других хронических заболеваний, в том числе сердечно-сосудистых.
3) Точно не стоит в любых симптомах пытаться найти онкологию, чаще всего это будет какой-то другой диагноз. Рак встречается реже, чем многие заболевания, просто о нем много говорят.
4) Сейчас для людей без генетического риска достоверно подтверждена польза обследований на рак груди, шейки матки и толстой кишки, а также на рак легкого для людей в группе высокого риска. Прохождение онкоскринингов и всевозможных детальных обследований организма по поводу и без может быть чревато тем, что называют гипердиагностикой.
5) В прогнозе многое зависит от типа рака, однако выздороветь от него можно, и сейчас достаточно высокий процент таких пациентов.
6) В большинстве случаев злокачественную опухоль лучше удалить, поэтому до четвертой стадии рак обычно оперируют.
7) От рака нельзя найти одно универсальное лекарство, которое поможет вылечить все типы заболевания. Однако в целом онкология — одна из самых интенсивно развивающихся отраслей медицины. В России доступна иммунотерапия, таргетная терапия, современная лучевая терапия и хирургия.
https://journal.tinkoff.ru/list/onkologia/
🚀 @SBERLOGABIG online seminar on bioinformatics:
👨🔬 Павел Абрамов (НИИ Канцерогенеза) «Развитие рака яичников и подходы к его диагностике»
⌚️ Пятница 10 июня, 19.00 по Москве
В докладе будут представлены современные представления о молекулярно-генетических механизмах развития рака яичников (РЯ), метиляторных фенотипах опухолей и примеры диагностики РЯ на основе анализа метилирования ДНК.
Литература:
Cancer Genome Atlas Research, Network. "Integrated Genomic Analyses of Ovarian Carcinoma." Nature 474, no. 7353 (Jun 29 2011): 609-15. http://dx.doi.org/10.1038/nature10166.
Ciriello, G., M. L. Miller, B. A. Aksoy, Y. Senbabaoglu, N. Schultz, and C. Sander. "Emerging Landscape of Oncogenic Signatures across Human Cancers." Nat Genet 45, no. 10 (Oct 2013): 1127-33. http://dx.doi.org/10.1038/ng.2762.
Kurman, R. J. and M. Shih Ie. "The Dualistic Model of Ovarian Carcinogenesis: Revisited, Revised, and Expanded." Am J Pathol 186, no. 4 (Apr 2016): 733-47. http://dx.doi.org/10.1016/j.ajpath.2015.11.011.
Sanchez-Vega, F., V. Gotea, G. Margolin, and L. Elnitski. "Pan-Cancer Stratification of Solid Human Epithelial Tumors and Cancer Cell Lines Reveals Commonalities and Tissue-Specific Features of the Cpg Island Methylator Phenotype." Epigenetics Chromatin 8 (2015): 14. http://dx.doi.org/10.1186/s13072-015-0007-7.
Ссылка на зум будет доступна на канале: @sberlogabig и группе @sberlogabio перед началом доклада - подписывайтесь!
НИИ Блохина и НООП проводят исследование для пациентов с раком легкого в рамках которого бесплатно делается молекулярно генетическое тестирование в т.ч. тесты FOUNDATION MEDICINE /FMI (комплексное геномное профилирование).
Отбор пациентов идёт по критериям (см. документ ниже) со всей России, из любого ЛПУ, лаборатории.
Количество тестов ограничено, срок программы до октября 2022.
Все подробности и вопросы - через почту кураторов программы - cases@oncopulm.ru.
В сложные времена многие пытаются сохранить капитал или закупиться продуктами впрок. Но лучшее, что мы все можем сейчас сделать, – это позаботиться о себе и своем здоровье. Фонд медицинских решений «Не напрасно» создал онлайн-тест «Скрин», который дает персональные рекомендации по профилактике и ранней диагностике рака и может кардинально изменить чью-то жизнь.
Тест позволяет определить существующие у человека показания к скринингу и раннему выявлению 6-ти видов рака – рака легкого, молочной железы, кишечника, простаты, шейки матки и кожи;
Над тестом работали онкологи, эпидемиологи, генетики, диетологи и врачи других специализаций;
Эффективность рекомендаций, предоставляемых по итогам теста, подтверждена исследованиями во всем мире;
Первую и вторую версии теста прошли более 409 000 человек;
Осенью 2021 года была запущена третья версия теста «Скрин»– медицинские алгоритмы теста были обновлены в соответствии с актуальными на 2021 год исследованиями и рекомендациями;
Экспертный состав теста проанализировал российские и международные программы скрининга, протоколы, исследования и рекомендации 9-ти ведущих международных медицинских организаций (включая Национальную комплексную онкологическую сеть, Российское общество клинической онкологии, Международное агентство по изучению рака и др.);
Экспертами проекта были изучены более 70-ти публикаций в авторитетных международных научных медиа;
Все обследования, рекомендуемые в рамках теста, доступны для выполнения в России;
Алгоритм теста «Скрин» и рекомендации получили положительную оценку федерального центра ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России – одного из ведущих российских медицинских учреждений в сфере лечения онкологических заболеваний;
«Скрин» – один из четырех сервисов бесплатного портала «Все не напрасно». Регистрируясь или авторизуясь на сайте теста «Скрин», вы получаете доступ в личный кабинет на портале «Все не напрасно» и ко всем его сервисам.
Пройти тест «Скрин» можно из любой точки мира совершенно бесплатно: https://clck.ru/dYyq4.
💣 Анастасия Данилова завела канал в телеграме и прямо сейчас делится самыми свежими новостями из Сан-Антонио.
/channel/cancer_care_weekly
PS: если вы не знаете Анастасию, то просто поверьте, что ради возможности работать в одной команде, я был готов оставить Минск и перебраться в Москву.
Воскресный трёп.
Машинное обучение и онкология.
What is about ? О стандартном примере анализа данных балк РНК секвенирования на примере рака груди (breast cancer , METABRIC датасет), и некоторые байки о пока еще не вполне сбывшихся надеждах. А еще, знаете ли вы что такое "ген/мутация Анджелины Джоли" ?
Предисловие. Данный пост, тесно связан с прошедшим докладом Никиты Котлова (где обсуждался другой тип рака - лимфомы - но задачи такие же). А также, с недавними постами Софии Меньшиковой на ее канале @OncologyFellow. У Софии и ее соавтора Алексея - лучшие каналы по онкологии - @OncologyFellow и @medonco - подписывайтесь !
Что хотим ? Все знают, что типов рака очень много, но хуже того у каждого типа рака, еще много подтипов, и лечение/прогноз часто сильно зависит от подтипа рака. Поэтому ученые пытаются выделить эти подтипы и понять, как с каждым из них лучше бороться. Доклад Никиты был посвящен этой проблеме для лимфомы, а данный пост о раки груди. Яркий пример - трастузумаб (моноклональное антитело) успешно применяется к одному из подтипов рака груди, и понятен механизм - у этого подтипа на поверхности раковых клеток торчат белки рецепторы продуцированные геном HER2 и трастузумаб прицельно бьёт по ним. Но, к сожалению, не у всех подтипов есть такие белки на поверхности - у подтипа "трипл-негатив", например, нет.
Как делали раньше/сейчас и как хотят определять подтипы в будущем ? Мини операция - вырезают кусочек опухоли, и относительно дешевыми и простыми методами смотрят подтип. С точки зрения дата-сайнс, тут поинт в том, что у нас есть очень мало (2-3) признака ("фичи") и по ним всё определяюeтся. Можно ожидать, что если бы было больше "фичей" (признаков), то мы получили бы больше информации. Примерно 15 лет назад технологии позволили это делать - научились относительно недорого измерять ТЫСЯЧИ/ДЕСЯТКИ ТЫСЯЧ признаков - экспрессий генов - показателей насколько активно гены работают в данных клетках. (Настоящих "пацанских" (белок кодирующих) генов у человека порядка 20 000, а еще кучи псевдогенов, lncRNA, и тд), каждый ген - фича , генов десятки тысяч - значит десятки тысяч фичей.
В чем облом и надежда ? Оказалось, что фичей стало в тысячи раз больше, а толку стало не сильно больше. Но, все же, технологии развиваются и удешевляются, и многие полны надежд, что удастся спасти жизни людей, если еще поднапрячься в этом направлении.
Что за данные и что на картинке ? Данные - матрица: (пациенты х гены). Скажем порядка 2000 пациентов, и 20 000 генов. Такие датасеты собираются долгими годами. И есть еще один дополнительный столбец - сколько месяцев пациент прожил (после диагноза). Дальше, одна из наших целей по этим (и, вообще говоря, другим тоже) данным понять можем ли мы предсказать сколько пациент проживет, по возможности понять реакцию на лечение (тут нужно больше данных) и так далее.
Достаточно давно была предложена классификация ПАМ50 - то есть выделены примерно 50 генов и по ним данные разбиты на несколько кластеров. Рисунок справа показывает графики кривых выживаемости для каждого из кластеров - чем выше график тем лучше прогноз - и мы видим, что есть два кластера - ЛюминалА и кластер клауден-лоу, где выживаемость получше. Подтип клаудиан-лоу, кстати, относительно новый - дополнение к старому ПАМ50, и видно, что выделен по делу - раньше он был частью трипл негатива, а видно что выживаемость другая. Картинка слева - взят датасет, сделан ПСА, покрашен по кластерам - ну как обычно. То есть каждая точка - соответствует одному семплу, в данному случае человеку. А что за граф там нарисован - а это наша работа, потом как-нибудь расскажу. Код можно тут взять: КАГГЛ.
А что там про Анджелину Джоли ? Известная история, но я устал писать, так, что читайте у Софии.
Рак молочной железы можно унаследовать
Врываюсь с постом напоследок. Октябрь - месяц информирования о раке молочной железы. Кроме того, что это самый частый рак, он в 5–10% случаев бывает наследственным.
Унаследовать гены, которые отвечают за рак молочной железы, можно как от мамы, так и от папы. Самый распространенный вариант - мутации в генах BRCA1 и BRCA2. Кстати, они же отвечают и за развитие рака яичников, поджелудочной железы, агрессивного рака простаты и рака груди у мужчин.
На картинке - критерии NCCN, по которым можно заподозрить в семье наследственный рак.
Зачем это знать вообще? Затем, что наследственный рак часто возникает в более раннем возрасте, у половины – до 40 лет. Кроме того, он часто связан с тройным негативным фенотипом - самым неблагоприятным вариантом рака молочной железы.
В 2013 году амбассадором наследственного рака молочной железы стала Анджелина Джоли. После того, как от рака умерла ее мама, актриса сдала анализы и выяснила, что у нее есть мутация. Джоли приняла решение удалить молочные железы до того, как опухоль появится, и заменить их имплантами, но это не обязательная мера:
Важно: наличие мутации говорит о том, что риск развития рака у человека выше, чем в популяции, но не о том, что болезнь обязательно будет.
Если такие мутации есть, желательно регулярно проверяться. Начинать проходить профилактические обследования рекомендуют в возрасте на 10 лет раньше, чем возраст обнаружения рака у кровного родственника. Кроме того, такие мутации можно передать биологическим детям, а значит, родителю нужно нести ответственность еще и за их здоровье и осведомленность.
Узнать, есть ли у человека мутации в этих генах, можно в любой лаборатории. Для этого достаточно сдать кровь. Цены разные, зависят от вида теста.
Их два. Относительно дешевый и доступный анализ ПЦР проверяет самые распространенные славянские мутации в генах BRCA1 и BRCA2. В отдельных случаях, которые разбирают врач-генетик или врач-онколог, может понадобиться более сложное тестирование — next generation sequencing, когда структуру генов изучают целиком, а не точечно. Кстати, в медицинской лаборатории Гемотест (коллеги, на вооружение!) сейчас скидка 30% и на ПЦР, и на NGS (туть).
В идеале, конечно, сначала все обсудить с врачом-онкологом. В реальности редко кто доходит до онколога с такими вопросами. Поэтому цель моего поста – знайте свою наследственность, и знайте, что есть анализы, которые помогут позаботится о себе заранее.
🚀 @SBERLOGA представляет онлайн доклад :
👨🔬 Антон Костин (МФТИ) "Биология на графах. Графы 'взаимодействия' генов на основе NLP анализа текстов."
⌚️ Пятница 15 октября, 18.00 по Москве
Рассмотрим корпус биологических текстов по определенной тематике - болезнь Альцгеймера , глиобластома и тд.
Обучим NLP модель (типа word2vec или более продвинутые) на выбранном корпусе.
Возьмем список интересующих нас терминов - например генов.
Рассмотрим эмбединги генов, которые получены данной моделью, построим по ним граф близости.
После этого мы можем анализировать данный граф и пытаться понять насколько он отражает биологическую информацию.
Насколько он зависит от корпуса текстов, насколько кластеры биологически осмысленны, и так далее.
Об этом и будет рассказано. Разобраны ноутбуки, которые делают данное построение.
Доклад является идейным продолжением предыдущего доклада - https://youtu.be/deFlfV3lB50 , /channel/sberloga/66
Ссылка на зум будет доступна через тг чат /channel/sberlogabio ближе к началу
Рак молочной железы может возникнуть сам по себе, а может появиться из-за сломанных генов, которые передаются по наследству. О мутациях и генетических тестах в своей колонке рассказывает врач-онколог София Меньшикова Oncology Fellow.
Этот материал мы выпускаем в рамках акции «Розовый октябрь». Вместе с «Горящей избой» рассказываем, как вовремя диагностировать рак, как с ним бороться и как живут женщины, столкнувшиеся с диагнозом. Прочитайте и перешлите подругам!
https://cuprum.site/AJ1RsegL
#колонка_купрум
Доступный здравпросвет на страже клипового мышления
Читать полностью…
Развлекаю людей видосами про рак, прости-господи
Читать полностью…
ЭСТРОГЕН < 10% = ТРОЙНОЙ НЕГАТИВНЫЙ РАК? (Неравнодушным коллегам)
Недавно в инстаграме в моих сторис всплыло вот что: ранее считалось, что все опухоли с экспрессией эстрогена по ИГХ > 1% требуют назначения гормонов в адъюванте. Но вот вышла публикация, где предлагают считать все раки с экспрессией эстрогена до 10% - гормононегативными. Сейчас объясню, почему.
Предлагаю нырнуть в глубокую молекулярную генетику, а именно в PAM50. Вот вы можете мне сейчас ответить, что такое люминальный В рак молочной железы? Думаю, можете. Почти уверена, что неправильно.
Тот люминальный рак, про который мы с вами знаем (РЭ+, ki67 > 20%), - это жаргонизм. Вообще все, что вы знали про фенотипы РМЖ – не совсем правда.
В начале нулевых Perou и Sørlie отсеквенировали сотню образцов рака молочной железы. Оказалось, что все опухоли можно разделить на 4 группы: они назвали их люминальный А, люминальный В, HER2-обогащенный и базальноподобный рак. Этот тест (панель) называется PAM50. Каждая из этих групп обладала определенными прогностическими и предиктивными свойствами: наверное, вы уже догадались, какими. И это ИСТИННЫЙ подтип опухоли.
Это прекрасное научное знание дожило до клиники в том виде, в котором мы с вами с ним работаем. Поскольку секвенирований на всех не напасешься, в гайдах ESMO эти подтипы предложили заменить знакомыми суррогатами, как в таблице 2.
Это значит, что всей правды о природе опухоли мы не знаем, а ИГХ лишь немного может помочь. Так на что похожи опухоли с низкой экспрессией РЭ?
В новом исследовании авторы ссылаются на работы, которые ранее показывали, что если такие опухоли проанализировать по PAM50, то они будут либо basal-like, либо HER2-enriched. Поэтому они проанализировали клиникопатологические характеристики пациентов с РЭ 1-9%. Всего было 406 образцов, из них 42 – с низким эстрогеном. 5-летняя БВ у тройных негативных была 74%, у РЭ 1-9% - 73,1%. То же самое – в отношение ОВ: 82,3% против 76,7% (р = 0,8). Частота pCR тоже была одинаковой – 38% против 44% (р = 0,498).
Кстати, в группе РЭ 1-9% всего 6 (из 42) пациентов получали адъювантную гормонотерапию, а химия в том или ином виде была у всех.
Исходы одинаковые. И авторы предлагают считать гормонозависимыми опухоли > 10%, а остальные – тройными негативными. Звучит хорошо, но мне кажется, что исследование выглядело бы более убедительным, если бы все РЭ 1-9% получали гормоны. А вы что думаете?
Молодым коллегам, ординаторам – про успешный успех (и в конце новость, которой я очень рада!)
Не знаю, как написать пост, чтобы не получилось скромное «не хочу хвастаться, но вот вам стопицот поводов офигеть от того, какая я крутая». Но у меня правда очень хорошие новости, и мне не терпится поделиться :)
Твой успех как специалиста отражает твоя востребованность на рынке труда. Лично я почувствовала это тогда, когда прежнее место работы меня перестало устраивать по личным причинам. Приятно, что свое решение я сразу обсудила с BostonGene и там меня поддержали. После этого я написала пост в FB про то, что я заканчиваю сотрудничество с прежней клиникой, и вдруг получила сразу четыре симпатичных мне оффера. Представляете, сразу ЧЕТЫРЕ оффера от людей, с которыми бы я была счастлива работать! (Жаль, что я не была в поиске работы.)
Успешный успех состоялся😅 И я уверена, что на меня сработало не резюме на hh, а вот что: два предложения были от коллег, с которыми мне сложилось работать – очень приятно, что, очевидно, эти люди видели меня в работе и хотели бы видеть меня в своей команде. Это про hard skills. Но другие два предложения были от работодателей, которые никогда меня не знали как химиотерапевта, но они читали мой телеграм-канал, твиттер, инста. И это важно, потому что это – про самопрезентацию. Люди, которым бы не были близки мои взгляды, никогда бы не стали читать то, что я здесь пишу.
Вывод для молодых коллег: ведите соцсети, читайте тех, кто вам нравится. Это создаст подходящую среду. У меня до сих пор не получается в супер-профильный блог, у меня не получается (и я не стремлюсь) продавать свои услуги, но против моего котика и хаски еще никто не устоял. (Доктор, у которого живет хаски, не может быть плохим!)
Но вы – это ваша самопрезентация и окружение. Меня это привело к тому, что сейчас я буду работать с людьми, взгляды которых на медицину мне очень близки. Я буду работать в клинике, где докторам дают доступ в аккаунт в UpToDate (представляете!) и организуют мастер-классы Анны Сонькиной-Дорман (представляете!!). Блин, там даже корпоративная почта на гугле!!!
Короче.
С конца августа каждую субботу ищите меня в «Чайке» в Кунцеве. И это по любви 💜
Совместный проект подкаста «Охотин и Сизов» с Институтом междисциплинарных медицинских исследований (ИММИ) Европейского университета (под руководством Антона Барчука).
Гость первого выпуска серии – Вадим Гущин, хирург-онколог, работающий в Балтиморе и один из основателей Высшей Школы Онкологии. В выпуске обсудили:
• медицинское образование в России и в США
• ВШО – кружок по интересам или новая резидентура?
• можно ли и нужно ли объективно оценивать знания и навыки в медицине?
• чего не хватает российскому медицинскому образованию и как эту нехватку устранить?
Видео-версия
Эпидемиолог Антон Барчук о новом Центре ИММИ в Европейском университете
🧬 Если вы давно искали качественный информационный ресурс для ученых, то рекомендуем подписаться на BiotechClub. Несколько раз в неделю выходят статьи о достижениях в области биотехнологий, создании современных препаратов и новых научных открытиях.
Подписывайтесь на 👉🏻 BiotechClub и станьте частью научного сообщества!
https://bit.ly/bio_techclub2
Profilaktika Media - просветительский медиапроект Фонда медицинских решений «Не напрасно» о доказательной медицине и онкологии - совместно с врачом ПСПбГМУ им. Павлова, научным сотрудником НИИ Гриппа Оксаной Станевич подготовил ответы на самые актуальные вопросы о вакцинации от COVID-19. В результате получился один из самых полных и всеобъемлющих экспертных материалов о вакцинации от ковида - подробный гид, в котором каждый сможет найти интересующую его информацию. Статья доступна по ссылке - https://media.nenaprasno.ru/articles/pravila/privivka-tochno-ne-privedet-k-besplodiyu-a-k-raku-i-eshche-43-voprosa-pro-vaktsinatsiyu-ot-covid-19-/?utm_source=PM&utm_medium=post&utm_campaign=podcast&utm_id=smm-pm
Читать полностью…